L'Università di Pisa, la Direzione regionale per i beni culturali e paesaggistici della Toscana e la Soprintendenza di Pisa hanno sottoscritto un accordo per la gestione e la valorizzazione del complesso monumentale della Certosa di Calci, nei cui spazi è ospitato il Museo di Storia naturale e del territorio dell'Ateneo. Alla firma dell'accordo erano presenti il rettore dell'Università Massimo Augello, il direttore della Direzione regionale Maddalena Ragni, e il Soprintendente Agostino Bureca.
Oltre ad aver individuato e definito gli spazi di pertinenza della Soprintendenza e dell'Università nonché gli spazi comuni, con questo accordo i soggetti firmatari si sono impegnati a perseguire e pianificare congiuntamente gli interventi tesi alla salvaguardia, alla conservazione e al recupero funzionale dell'intero complesso e delle sue pertinenze, anche tramite l'utilizzo di eventuali finanziamenti esterni.
Per una migliore gestione delle competenze e l'individuazione di obiettivi comuni è stata inoltre istituita una Commissione congiunta permanente, composta da quattro membri per l'Università e quattro membri per il ministero per i Beni e le Attività Culturali, con il compito di definire le modalità di gestione delle parti comuni, programmando inoltre un calendario degli eventi e delle attività in questi spazi.
Una delle volontà più forti è infatti operare insieme per migliorare le condizioni di accessibilità e fruibilità della Certosa, individuando aree comuni da destinare all'accoglienza (tra cui il bookshop, una caffetteria e un punto di ristoro) e un punto informativo da collocare in ambienti di facile accesso e immediata visibilità, attrezzati con strumenti di comunicazione diversificati per le diverse categorie di visitatori. Nell'accordo è prevista l'estensione dei percorsi di visita all'intero complesso, compresi gli orti e i giardini e i percorsi di preghiera. Gli strumenti informativi a supporto delle visite dovranno dunque illustrare i caratteri architettonici del complesso, la memoria della vita certosina, i rapporti della Certosa con gli altri monasteri certosini d'Italia e d'Europa, il suo ruolo nella storia sociale ed economica del territorio, la rilevante valenza paesaggistica del contesto ambientale in cui è inserita, nonché le collezioni del Museo di storia naturale e l'attività dei suoi laboratori.