Sono le Università di Pisa e di Roma "La Sapienza" le migliori in Italia secondo l'Academic Ranking of World Universities (ARWU) elaborato dalla "Jiao Tong" University di Shanghai. I due atenei sono tra il 102° e il 150° posto al mondo e precedono quelli di Milano e Padova, posizionati tra il 151° e il 200° posto, oltre al Politecnico di Milano e alle università di Bologna, Firenze e Torino, che si situano tra il 201° e il 300° posto. Complessivamente, sono 22 le istituzioni accademiche italiane che compaiono tra le prime 500 al mondo, comprese la Scuola Normale Superiore (tra il 301° e il 400° posto) e l'Università di Siena (tra il 401° e il 500° posto).
L'Università di Pisa è, insieme a Padova, tra le prime cento al mondo nel campo disciplinare delle Scienze naturali e matematiche. L'Ateneo pisano eccelle inoltre nei settori della matematica e della fisica. In quello della matematica è al primo posto in Italia, 11° in Europa e 50° nel mondo, seguito dalla Scuola Normale Superiore tra 52° e 75°. In quello della fisica è al 3° posto in Italia, insieme alla Scuola Normale e dopo Padova e Roma "La Sapienza", tra i primi 20 in Europa e tra il 76° e il 100° nel mondo.
La classifica ARWU di Shanghai, pubblicata con cadenza annuale dal 2003, è tra le più accreditate a livello internazionale, con più di mille università monitorate. La sua metodologia si basa su alcuni indicatori di qualità delle performance sia accademiche che di ricerca, quali il numero di riconoscimenti internazionali ottenuti dallo staff accademico, il numero delle pubblicazioni e delle citazioni, e i risultati conseguiti in relazione alle dimensioni dell'istituzione.
Nel commentare il ranking ARWU, il rettore Massimo Augello ha ricordato che tutte le principali classifiche internazionali confermano Pisa ai vertici fra le università italiane, con punte di eccellenza che vengono riconosciute sia a livello europeo che mondiale. "Stiamo analizzando con attenzione questi risultati e approfondendo i relativi indicatori - ha concluso il rettore – perché vogliamo da un lato mantenere e valorizzare i nostri punti di forza, dall'altro impegnarci a fondo per migliorare nei settori in cui mostriamo delle debolezze".