Nato a Cremona nel 1947, il professor Marco Pasquali si è laureato in Chimica Industriale presso l'Università di Pisa nel 1971. Dopo essere stato borsista ministeriale, assistente ordinario e professore incaricato, nel 1980 è diventato professore associato e dal 1990 professore ordinario di Chimica generale e inorganica presso il corso di laurea in Chimica nella facoltà di Scienze matematiche, fisiche e naturali dell'Ateneo pisano.
Il professor Marco Pasquali è attualmente membro del dipartimento di Chimica e Chimica industriale dell'Università di Pisa. Il suo settore di ricerca principale è la chimica di coordinazione e metallorganica dei metalli di transizione delle serie d. I temi di ricerca che ha sviluppato sono relativi alla attivazione di piccole molecole per mezzo di centri metallici e i risultati più significativi riguardano lo studio della coordinazione e della reattività di CO2 e molecole CO2 simili per mezzo di derivati organometallici di titanio; lo studio della coordinazione di monossido di carbonio per mezzo di ammino-derivati di rame; la caratterizzazione in soluzione e allo stato solido dei primi derivati carbonilici termicamente stabili isolati di rame e lo studio della reattività del monossido di carbonio coordinato al centro metallico; lo studio dell'attivazione di idrogeno molecolare, di legami carbonio-idrogeno e fosforo-idrogeno per mezzo di derivati organometallici mono e polinucleari di palladio e platino.
I risultati che ha conseguito - l'indice di Hirsch del professor Marco Pasquali è 32 - sono stati oggetto di circa 100 pubblicazioni su riviste internazionali in lingua inglese, prevalentemente edite dalla Società Chimica Americana e dalla Società Chimica Inglese. Il professor Marco Pasquali è stato più volte responsabile di progetti coordinati inter-universitari finanziati dal Consiglio Nazionale delle Ricerche ed è attualmente responsabile del progetto di ricerca interdisciplinare "Materiali polimerici innovativi con funzionalità ottiche, elettriche o adesive" finanziato dalla Fondazione Cassa di Risparmio di Pisa con un milione di euro. Il progetto coinvolge chimici, fisici e ingegneri dell'Università di Pisa, della Scuola Normale Superiore e del Consiglio Nazionale delle Ricerche.
Eletto Rettore dell'Università di Pisa per il quadriennio 2002-2006, è stato poi confermato per quello successivo sino al 2010. Durante il suo secondo mandato, dal 2008 al 2010, è stato membro del Comitato direttivo della Conferenza dei Rettori e delegato della Conferenza stessa per la ricerca. Sempre all'Università di Pisa, dal 1995 al 1996 è stato presidente del corso di laurea in Chimica e dal 1996 al 2003 preside della facoltà di Scienze periodo in cui, per tre anni, è stato vice presidente della Conferenza nazionale dei presidi delle facoltà di Scienze. Fra le altre cariche ricoperte, dal 2005 al 2011, è stato membro della Commissione scientifica per l'assegnazione di ENI Awards, dal 2009 al 2011 ha fatto parte del Comitato di valutazione del Consiglio Nazionale delle Ricerche e dal 2009 al 2010 è stato membro del "EUA Research Policy Working Group".
Nel 2005 ha ricevuto dal Presidente della Repubblica l'onorificenza di Grande Ufficiale al Merito della Repubblica, nel 2009 è stato insignito della laurea honoris causa in Scienze dall'Università Ricardo Palma di Lima in Perù. Nel 2010 Farmindustria gli ha consegnato il premio "Opera et Virtute" per l'impegno a favore della ricerca.
Per queste motivazioni il Senato accademico ha insignito dell'Ordine del Cherubino il professor Marco Pasquali.