Nata a Pisa nel 1950, la professoressa Manuela Giovannetti si è laureata in Scienze agrarie nel 1974, quindi è stata borsista del CNR e, dal 1977, ricercatore presso il Centro di studio per la Microbiologia del suolo del CNR di Pisa. In questo periodo ha trascorso diversi mesi in Inghilterra, finanziata da una borsa NATO e dal CNR, presso il Soil Microbiology Department di Rothamsted, in qualità di visiting scientist, dove ha iniziato i suoi studi sulle simbiosi tra piante e microrganismi benefici del suolo.
Dal 1988 ha prestato servizio presso l'Ateneo pisano, prima come professore associato e dal 2000 come professore ordinario di Microbiologia agraria. Dal 2007 al 2012 è stata preside della facoltà di Agraria e membro del Senato accademico. Ha ricoperto incarichi di rilievo nazionale e internazionale: dal 1999 al 2002 ha diretto il Centro di studio per la Microbiologia del suolo del CNR, dal 2004 al 2011 ha coordinato la Banca Europea del Germoplasma IBG. Nel 2009 ha coordinato il panel di valutazione degli Istituti del CNR "H.1: Agricultural, Nutritional and Veterinary Sciences".
La professoressa Giovannetti ha svolto ricerche presso numerosi laboratori e università europei, tra cui le università di Dundee, Cambridge, Helsinki, Copenaghen, Laboratoire de Genetique et d'Amelioration des Plantes, INRA Dijon. È stata responsabile scientifico e di unità operativa di progetti di ricerca europei e italiani e ha ricoperto l'incarico di delegato nazionale MIUR in due programmi europei di cooperazione scientifica e tecnologica.
Ha svolto attività di Scientific Advisor per istituzioni scientifiche del Regno Unito, Canada e USA. Ha organizzato congressi internazionali e sessioni tematiche in convegni, a cui ha partecipato anche svolgendo letture a invito e plenary lectures. È membro di Società scientifiche, tra cui l'American Society for Microbiology. È accademica corrispondente dell'Accademia dei Georgofili.
La professoressa Giovannetti è autrice di 300 pubblicazioni, di cui oltre 100 su riviste internazionali ISI, di 12 capitoli in libri scientifici pubblicati da case editrici internazionali e di numerose pubblicazioni di divulgazione scientifica. Ha un Citation Index superiore a 4000.
Le sue ricerche hanno riguardato i microrganismi benefici del suolo, agenti della fertilità biologica. In particolare, ha studiato i meccanismi di ricombinazione genetica, le strategie di sopravvivenza, la diversità molecolare e la conservazione in-situ ed ex-situ dei simbionti micorrizici. Ha anche messo a punto sistemi di valutazione dell'impatto ambientale di organismi geneticamente modificati. Un suo recente lavoro ha ricevuto la valutazione "Exceptional" da Faculty of 1000 Biology. Ha svolto e svolge attività di referee per oltre 20 riviste scientifiche internazionali, anche in qualità di membro dell'editorial board di alcune di esse.
Per queste motivazioni il Senato accademico ha conferito l'Ordine del Cherubino alla professoressa Manuela Giovannetti.