Nato a Udine nel 1947, il professore Francesco Pegoraro si è laureato in Fisica con lode presso l'Università di Pisa nel 1970 sotto la guida del professor Luigi Radicati, diplomandosi nel contempo presso la Scuola Normale Superiore quale allievo ordinario della Classe di Scienze. Nel 1974 ha poi conseguito il diploma di perfezionamento della Scuola Normale Superiore con una tesi sulla Relatività generale.
Dopo un periodo di due anni trascorso al Massachusetts Institute of Technology di Boston è diventato prima assistente (1977-1983) e poi professore associato di Fisica dei plasmi (1983-1990) presso la Scuola Normale Superiore di Pisa.
Dal 1987 al 1989 è stato group leader della Theory Division al Jet Joint European Torus, Culham, Abingdon, uno dei principali esperimenti internazionali di fisica del plasma applicata alla fusione termonucleare.
Nel 1989 ha vinto il concorso per professore ordinario di Fisica teorica ed è stato chiamato dal dipartimento di Fisica teorica dell'Università di Torino presso il quale ha insegnato dal 1990 al 1996.
Successivamente è stato chiamato dall'Università di Pisa presso il dipartimento di Fisica dove ha prestato servizio come professore ordinario di Fisica del plasma dal novembre 1996.
Nel 2006 è stato nominato professore onorario al Moscow Physical Technical Institute, a Dolgoprudny, e nel 2008 è stato nominato socio corrispondente dell'Accademia dei Lincei. Dal 2000 ricopre la carica di presidente del consiglio di dottorato di Fisica applicata e per quattro anni ha diretto la scuola di dottorato in scienze di base "Galileo Galilei", del cui consiglio è tuttora membro.
Il professor Pegoraro ha trascorso frequenti periodi di ricerca negli USA, in Inghilterra e Olanda, in Russia e in Giappone. Prima presso la Scuola Normale Superiore, poi alle università di Torino e Pisa, ha diretto numerose tesi di laurea, di perfezionamento e dottorato in Fisica del plasma formando ricercatori che si sono in seguito affermati a livello nazionale e internazionale.
Ha creato presso l'Università di Pisa un gruppo di ricerca riconosciuto tra i migliori a livello internazionale nello studio analitico e numerico della dinamica dei plasmi, con collaborazioni che hanno coinvolto molti tra i migliori centri di ricerca negli Usa, in Europa e in Giappone. Ha svolto servizio per numerosi anni come coeditore di "European Physics Letters" (EPL) e di "European Physics Journal D" (EPJD).
Ha fatto parte del Comitato di valutazione degli istituti del CNR e del panel di valutazione AERES del CELIA 2009 e per progetti di ricerca presentati per i laboratori LASERLAB EUROPE, per EUROfusion Enabling Research e FWO in Olanda e per progetti SIR del Miur e bandi ERC. Negli ultimi due anni ha svolto una intensa attività di valutazione come membro della commissione di Fisica teorica della materia per l'Abilitazione Scientifica Nazionale di cui rimane membro ad acta per le chiamate dirette.
Il professor Pegoraro è autore di più di 300 articoli pubblicati su riviste internazionali con referee, con più di 6500 citazioni. Di particolare rilievo sono i suoi contributi alla teoria della riconnessione magnetica nei plasmi astrofisici e di laboratorio e della dinamica nonlineare dei plasmi relativistici.
Negli ultimi due decenni è stato l'elemento più rappresentativo a livello italiano della ricerca teorica in Fisica del plasma svolgendo un ruolo di guida e di supporto alle principali iniziative nazionali in questo campo.
Per queste motivazioni il Senato accademico ha conferito l'Ordine del Cherubino al professore Francesco Pegoraro.