Nato a Viareggio nel 1945, il professor Gino Fornaciari si è laureato nel 1971 in Medicina e Chirurgia all'Università di Pisa. Nel 1969 è entrato come studente interno all'Istituto di Anatomia patologica dell'Ateneo pisano, dove ha iniziato e completato la propria carriera accademica: assistente incaricato, assistente ordinario, professore associato di Anatomia patologica e professore ordinario di Storia della Medicina. Attualmente è direttore del Museo di Anatomia patologica del dipartimento di Ricerca traslazionale e delle nuove tecnologie in Medicina e Chirurgia e coordinatore del Polo Museale storico del Sistema Museale d'Ateneo.
Il professor Fornaciari è stato fra i fondatori della moderna Paleopatologia, insieme ai paleopatologi americani Arthur C. Aufderheide, Marvin Allison ed Enrique Gerstzen e allo storico della medicina Mirko D. Grmek, dell'École des Hautes Études di Parigi. Oltre alla Paleopatologia in generale, si è dedicato allo studio delle mummie e alla ricerca di antichi agenti batterici e virali. Di grande importanza scientifica fu nel 1986 la scoperta del virus del vaiolo umano in un corpo mummificato del XVI secolo e nel 1989 di treponemi sifilitici della stessa epoca; nel 1992, individuò in una mummia Inca del XIV secolo, il protozoo parassita Trypanosoma cruzi, agente eziologico della malattia di Chagas. Nel 2003 ha amplificato e sequenziato, per la prima volta in una mummia, il virus del papilloma umano (HPV). Nel 1996 dimostrò la mutazione dell'oncogene K-ras nel tumore che uccise il re di Napoli Ferrante I di Aragona nel 1494, scoperta che costituisce tuttora un vero e proprio unicum in Paleopatologia.
L'11 novembre 2006 ha tenuto, presso il Cosmos Club di Washington DC, la prestigiosa "Stowell Lecture", sotto l'egida dell'Armed Forces Institute of Pathology" (AFIP), e nel 2013 le riviste "Smithsonian Magazine di Washington e "Science" hanno dedicato lunghi editoriali e la copertina all'attività di ricerca e alle scoperte della Divisione di Paleopatologia di Pisa.
Il professor Fornaciari ha istituito a Pisa nel 1994 il primo corso italiano di perfezionamento in Paleopatologia e nel 2004 ha fondato e diretto la divisione di Paleopatologia dell'Ateneo pisano. A partire dal 2009, insieme alle Università di Bologna e di Milano, ha organizzato il primo master in Italia in Bioarcheologia, Paleopatologia e Antropologia forense. Dal 2011 è co-direttore, insieme all'antropologo Clark Spencer Larsen della Ohio State University, della Field School Pozzeveri in Medieval Archaeology and Bioarchaeology e dal 2014 è direttore della Summer School in Osteoarchaeology and Paleopathology, entrambe scuole internazionali per studenti e dottorandi italiani e stranieri.
Il professor Fornaciari ha diretto negli anni '80 l'esplorazione e lo studio delle mummie delle tombe aragonesi nella basilica di San Domenico Maggiore in Napoli (secoli XV e XVI); è stato, negli anni 2004-2008, direttore scientifico del "Progetto Medici", che ha visto l'esplorazione delle tombe nelle Cappelle Medicee della basilica di San Lorenzo a Firenze e lo studio paleopatologico completo della celebre famiglia fiorentina; ha studiato dal punto di vista paleopatologico importanti personaggi storici, tra cui il papa Gregorio VII, S. Antonio da Padova, S. Zita, Cangrande della Scala e Luigi Boccherini.
Ha condotto numerose missioni scientifiche in Italia e all'estero, tra cui in Egitto e Messico, ed è autore di oltre 500 lavori, prevalentemente su riviste internazionali.
Per queste motivazioni il Senato accademico ha conferito l'Ordine del Cherubino al professor Gino Fornaciari.