L'Università di Pisa ottiene pieni voti nella "Bussola della trasparenza" (http://www.magellanopa.it/bussola), il portale realizzato dal dipartimento della 
Funzione pubblica per misurare il livello di trasparenza dei siti delle pubbliche amministrazioni italiane. L'Ateneo pisano soddisfa infatti tutti i 66 indicatori presi in esame, risultando al vertice della classifica riservata agli atenei, insieme ad altri 24, su un totale di 68 università analizzate.
La "Bussola della trasparenza", aggiornata sulla base del decreto legislativo numero 33 del 2013, è un sistema che mira ad accompagnare le amministrazioni nel percorso di miglioramento continuo della qualità delle informazioni on line e dei servizi digitali, coniugando il monitoraggio dei siti con la partecipazione e la collaborazione dei cittadini. Tale sistema permette di valutare in tempo reale la conformità di ogni sito istituzionale ai diversi obblighi di pubblicazione a di trasparenza, oltre che di confrontarlo con quanto fatto dalle altre amministrazioni.
La base del sistema è costituita da un motore di ricerca che, grazie a una serie di sensori software e di algoritmi, analizza i siti in modo automatico e a intervalli temporali determinati. I dati raccolti vanno poi ad alimentare un vero e proprio magazzino (data warehouse) che, attraverso interfacce dedicate, è in grado di fornire informazioni certificate e aggiornate sull'andamento della trasparenza dei siti web istituzionali del nostro Paese.
Nello specifico, con l'approvazione del Piano triennale anticorruzione per gli anni 2014-2016 che contiene il Programma triennale per la trasparenza e l'integrità (disponibile nella sezione del sito dell'Ateneo "Amministrazione trasparente"), l'Università di Pisa pubblica una serie di dati e notizie che mirano a favorire il rapporto diretto tra l'amministrazione e il cittadino. Il Programma triennale è, appunto, il documento con cui le pubbliche amministrazioni rispondono a tale esigenza, resa obbligatoria dalla legge, in base a uno schema unitario e standard che possano permettere la comparazione fra i dati che vengono pubblicati online dalle diverse amministrazioni.