Comune di Pisa
La collaborazione tra Ateneo e Comune di Pisa è molto viva, sia nell'ambito culturale e della ricerca, sia nella gestione comune di questioni più "tecniche" di razionalizzazione e valorizzazione del patrimonio immobiliare.
La collaborazione forse più evidente in città, sia per i turisti che per i residenti, è la gestione del Museo della Grafica a Palazzo Lanfranchi, uno dei centri culturali di maggiore attrazione a Pisa
Tra Ateneo e Comune di Pisa è stato firmato un protocollo per l'utilizzo dell'area "Ex Macelli Pubblici", in via Nicola Pisano che darà vita alla "Cittadella Galileiana", destinato a diventare il cuore dell'offerta turistica culturale e scientifica al servizio della città.
Fra i principali progetti bisogna ricordare anche l'intesa per la costituzione di un Centro Internazionale di Studi sulla Democrazia che avrà il compito di promuovere il confronto e la ricerca scientifica sulla democrazia, e di lavorare per la costruzione di una rete internazionale di studi e di favorire la divulgazione del dibattito presso la cittadinanza. L'accordo prevede la collaborazione anche con: Regione Toscana, Domus Mazziniana, Provincia e Comune di Pisa, Scuola Normale Superiore, Scuola Superiore Sant'Anna, Fondazione Giovanni Spadolini, Associazione mazziniana italiana.
Provincia di Pisa
Con la Provincia di Pisa sono attivi una serie di accordi bilaterali o inclusivi di altre realtà che vanno dalla promozione dell'istruzione, della formazione e della cultura sul territorio provinciale a servizi per studenti come, ad esempio, Giovani Card provinciale. La Giovani Card può essere richiesta da tutte le persone fra i 14 e i 30 anni, residenti nella provincia di Pisa, dagli studenti universitari non residenti e dai giovani partecipanti agli scambi internazionali. La Card offre sconti o condizioni agevolate di accesso presso negozi, musei, teatri, cinema, iniziative culturali, agenzie formative in tutta Europa.