L'Università di Pisa per statuto riconosce e garantisce la partecipazione democratica degli studenti alla vita dell'ateneo.
Gli studenti sono rappresentati negli organi di governo dell'Ateneo e in quelli delle strutture didattiche, scientifiche e di servizio.

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• Consiglio studentesco
  Il consiglio degli studenti è l’organo rappresentativo degli studenti dell’Università di Pisa, dotato di autonomia nell’organizzazione e nel coordinamento degli studenti e delle relative rappresentanze.
  Ha inoltre compiti di promozione della partecipazione studentesca. È composto da 25 membri.
• Senato accademico
  Il Senato accademico è l'organo rappresentativo delle diverse componenti dell'Università. Esso esercita compiti di regolazione, di coordinamento,consultivi e propositivi.
  5 dei 26 rappresentanti del Senato Accademico sono studenti (4 rappresentanti degli studenti e uno dei dottorandi di ricerca).
• Consiglio di amministrazione
  Il consiglio di amministrazione è organo di governo, di indirizzo strategico e di controllo dell’Università.
  2 dei 10 membri sono rappresentanti degli studenti/dottorandi di ricerca.
• Nucleo di valutazione
  Il nucleo di valutazione esercita le funzioni di valutazione interna dell’efficienza, dell’efficacia e della qualità della gestione amministrativa, delle attività didattiche e di ricerca, degli interventi di
  sostegno al diritto allo studio. Due membri su 8 è un rappresentante degli studenti.
• Comitato Unico di Garanzia
  Il Comitato Unico di Garanzia (CUG) per le pari opportunità è l'organo designato alla valorizzazione del benessere di chi lavora e contro le discriminazioni. Vi partecipano 2 studenti, senza diritto di voto.
• Commissione etica
  Il Codice etico dell'Università di Pisa prevede la costituzione di una Commissione etica, composta da un presidente e sei componenti in rappresentanza delle varie categorie (un ordinario, un associato, un ricercatore, un membro del personale tecnico-amministrativo, uno studente, un dottorando o specializzando) e la possibilità, in accordo con il Senato accademico, di deliberare sanzioni per chi si rende responsabile di violazioni delle regole previste nel Codice.
  
• Presidio della Qualità di Ateneo
  Il Presidio della Qualità di Ateneo ha funzioni di supervisione allo svolgimento adeguato e uniforme delle procedure di Assicurazione della Qualità (AQ) nelle attività formative e nelle attività di ricerca.Degli 8 membri, uno è uno studente.
• Commissione per lo sviluppo sostenibile
  Raccoglie tutte le componenti della comunità universitaria e le raccorda con gli organi decisionali di Ateneo per l’implementazione delle linee strategiche di sostenibilità. Dei 15 membri, 3 sono studenti.
• Rappresentanza per la sicurezza
  È una rappresentanza individuata dalle varie componenti della comunità universitaria riguardo gli aspetti della salute e della sicurezza durante le attività svolte nell’Ateneo. Della rappresentanza fanno parte 2 studenti.
  
  
• Gli altri organi in cui gli Studenti sono rappresentati
  • Consigli e giunte di dipartimento 
  • Consigi di corsi di studio
  • Consigli dei centri interdipartimentali e di ateneo ( laddove previsto)
  • Consigli delle scuole interdipartimentali
  • Collegi dei dottorati di ricerca (solo per gli iscritti a i dottorati di ricerca)
  • Consiglio delle scuole di specializzazione (solo per gli iscritti alle scuole di specializzazione)
  • Comitati di indirizzo e controllo dei sistemi di Ateneo
  • Commissioni paritetiche
  • Comitato per lo Sport Universitario
  • Consiglio di Amministrazione dell'Azienda Regionale per il Diritto allo Studio Universitario
  • Consiglio territoriale degli studenti per il controllo della qualità (ARDSU)
  • Conferenza regionale per il diritto allo studio universitario
  • Consulta comunale degli studenti universitari
  • Consiglio regionale degli studenti
  • Conferenza Università Territorio
  • Comitati scientifii e dei poli dello SBA.

Il Consiglio Nazionale degli Studenti Universitari, è organo consultivo di rappresentanza degli studenti iscritti ai corsi attivati nelle università italiane, di laurea, di laurea specialistica e di specializzazione e di dottorato. Esso formula pareri e proposte al Ministro dell'Università e della ricerca (MUR)